Формирование эффективной бюджетной системы является неотъемлемой частью процесса социально-экономического развития Санкт-Петербурга.
Приоритетными направлениями бюджетной политики города были и остаются обеспечение конституционных гарантий населения в области здравоохранения, образования, социальной защиты, жилищно-коммунальной сферы, транспорта.
Особое внимание уделяется социальной защите ветеранов, инвалидов, малоимущих граждан, работников учреждений бюджетной сферы.
Положительные тенденции, наметившиеся в развитии экономики города после августа 1998 г., были упрочены в 1999 - 2000 гг., и в дальнейшем наблюдается рост практически всех основных макроэкономических показателей: валового регионального продукта, объема промышленного производства и др.
Политика повышения оплаты труда работникам бюджетной сферы проводится путем доплат при одновременном сохранении всех ранее установленных региональных доплат, реализация которых все более затрудняется в условиях перераспределения налоговых доходов в пользу федерального бюджета.
Положительные результаты достигнуты в такой важной составляющей инфраструктуры города, как городской пассажирский транспорт. Здесь социальная направленность заключается в регулировании тарифов на услуги транспорта и обеспечении прав бесплатного и льготного проезда граждан в соответствии с федеральным и местным законодательством. Остро стоит вопрос о финансовом обеспечении ведомственных льгот, предоставляемых ведомственным законодательством, финансирование которых возложено на бюджет Санкт-Петербурга.
Исполнение бюджета осуществляется по казначейской системе с использованием лицевых счетов, т. е. средства бюджета города перечисляются непосредственно предприятиям - поставщикам товаров и услуг в оплату расходов бюджетных учреждений и организаций за выполненные работы и оказанные услуги. Деньги, таким образом, перечисляются напрямую исполнителю работ, что способствует установлению оперативного контроля за целевым использованием бюджетных средств, повышению точности и обоснованности планирования бюджетных ресурсов, определению оптимальных объемов заимствований и сокращению сроков прохождения бюджетных платежей.
В последние годы в городе постоянно ведется работа по обеспечению более эффективного расходования средств бюджетными организациями. Одним из новшеств казначейского исполнения бюджета явилось ведение росписи расходов и лимитов бюджетных обязательств по бюджетным учреждениям, в то время как на первых этапах внедрения казначейской системы исполнения бюджета роспись бюджета Санкт-Петербурга велась только на уровне главных распорядителей средств в разрезе кодов бюджетной классификации.
С 1997 года Санкт - Петербург перешел на долгосрочное бюджетное планирование путем составления финансового плана - прогноза, используемого при формировании проекта городского бюджета, оценки заемных и инвестиционных мощностей, анализа возможных рисков, приоритетов бюджетно-налоговой политики, оценки бюджетных параметров. Формат перспективного финансового плана Санкт-Петербурга позволяет оценить взаимосвязь различных статей бюджета - текущих и капитальных расходов, объема долга и расходов по его обслуживанию.