Но в тоже время есть и недостатки, которые мешают развиваться УСНО, такие как в правилах учета расходов на приобретение объектов основных средств есть и один недостаток, а именно необходимость уплаты дополнительной суммы налога и пени в случае продажи объекта основных средств ранее установленного срока.
Есть необходимость обратить внимание еще на один недостаток УСНО, который заключается в необходимости возврата на основной режим в случае превышения установленных лимитов в отношении суммы полученного дохода в течении года, а также величины остаточной стоимости объектов основных средств. Налоговое законодательство устанавливает требование возврата на основной режим в случае нарушения указанных лимитов, начиная с того квартала, в котором произошло данное нарушение. В такой ситуации у налогоплательщика возникает сложность восстановления бухгалтерского и налогового учета за относительно большой промежуток времени (от нескольких дней до более двух месяцев). Но такую опасность возможно исключить, если налогоплательщик будет постоянно следить за размером получаемого дохода и остаточной стоимости объектов основных средств, и в случае приближения данных величин своевременно организовать налоговый и бухгалтерский учет по правилам, установленным для налогоплательщиков, применяющих основной режим налогообложения.
Несмотря на перечисленные выше недостатки, положительные стороны УСНО значительно облегчают труд налогоплательщиков в области налогового и бухгалтерского учета, что делает УСНО привлекательной для субъектов малого бизнеса.