На начальном этапе становления таможенных органов РФ основными принципами финансирования стали самоокупаемость и самофинансирование. С целью совершенствования таможенного дела в Российской Федерации, укрепления материально-технической базы, развития социальной сферы и содержания таможенных органов Постановлением Правительства РФ от 28.02.1994 №173 был утвержден Фонд развития таможенной системы РФ (ФРТС).
Внебюджетный фонд развития таможенной системы формировался в основном за счет таможенных сборов за таможенное оформление, хранения товаров и транспортных средств, а также таможенного сопровождения товаров; средств, полученных от реализации товаров, транспортных средств и иных предметов, обращенных в установленном порядке в федеральную собственность; взысканий, налагаемых таможенными органами Российской Федерации, за нарушение таможенных правил.
Средства Фонда направлялись на обеспечение комплекса возложенных на таможенную службу задач, в том числе на правоохранительную деятельность, защиту экономических интересов России, содействие развитию внешнеэкономической деятельности, укрепление материально-технической базы таможенных органов.
До 1994 г. средства ФРТС в федеральном бюджете не учитывались. Начиная с 1995 г. была предусмотрена консолидация всех внебюджетных фондов. Исходя из этого, доходы, перечисляемые в указанный фонд, были включены в состав федерального бюджета с сохранением их целевой направленности. Одновременно часть этих средств была перераспределена на финансирование других государственных потребностей, в частности на обеспечение финансовой поддержки пограничных войск. Таким образом, за период с 1991 по 1995 гг. во многом благодаря Фонду развития таможенной системы РФ в сложнейших условиях роста инфляции, сокращения производства таможенным органам удалось не просто сохранить достигнутый уровень материального и социально-экономического обеспечения, но и направить значительные финансовые ресурсы на его развитие. В то же время значительное количество и характерные особенности основных источников формирования Фонда вызывали сложности планирования и прогнозирования его ежегодных объемов и, соответственно, собственных доходов таможенных органов.
Начиная с 2000 г. был определен принципиально иной механизм распределения финансовых ресурсов. Все целевые бюджетные экономические фонды, в том числе и ФРТС, были упразднены. Таможенные платежи в полном объеме стали поступать в федеральный бюджет, перестав распределяться между уровнями таможенной системы, как это было в предыдущие годы. Ликвидация ФРТС была вызвана объективными обстоятельствами, связанными с определенными успехами в обустройстве таможенной границы РФ. Благодаря функционированию ФРТС за относительно короткий срок удалось создать эффективно работающую таможенную систему. Однако были и существенные недостатки, заключающиеся в сложности планирования поступлений и управлением средствами Фонда. К 2000 г. потенциал использования данного инструмента финансирования таможенных органов РФ полностью исчерпал себя.
На сегодняшний день финансирование таможенных органов осуществляется исключительно за счет средств федерального бюджета. Федеральная таможенная служба получила статус получателя бюджетных средств со строгой регламентацией прав и обязанностей. Финансирование таможенной службы осуществляется в централизованном порядке, исходя из территориальной и экономической необходимости сохранения и развития таможенных органов, а также экономического эффекта и качества работы таможенных органов.
В то же время централизованное распределение средств не означает, что у финансового блока таможенных органов отсутствует проблема разработки методов и алгоритмов распределения финансовых ресурсов по направлениям и объектам финансирования. Скорее наоборот, в таможенных органах проблема распределения финансовых ресурсов представлена в классической форме - как проблема соизмерения затрат и результатов.