Финансовый контроль в таможенных органах организуется в соответствии с Приказом Федеральной таможенной службы от 9 августа 2011 г. № 1616. Цель финансового контроля, как и финансового планирования - обеспечение рационального использования бюджетных средств в процессе реализации возложенных на таможенные органы России функции.